Ну, по форме так по форме... Не бывает окна на два этажа, если они разделены перекрытием, речь может идти только о двух окнах. Вопрос их сопряжения - отдельный вопрос, но в любом случае в это месте будет некая перекладина, или сопряжение двух переплетов. Можно просто обмануть АрКон, он правда ответит артефактами (дырки в интерьере). Но как понимаю, конструкции Вас не тревожат, а только форма. Или делать по уроку ArCon Eleco. На самом деле, надо делать по другому, моделируя правильно конструктивное решение.